São várias as vantagens da criopreservação de embriões de equino: pode-se preservar a genética de ambos os progenitores em vez de apenas do progenitor masculino como acontece com o sémen congelado; os embriões podem ser mantidos provavelmente indefinidamente e portanto ser utilizado quando for mais adequado; não há necessidade de ter éguas receptoras sincronizadas com a dadora quando se faz a recolha do embrião, e os embriões congelados são facilmente transportados para serem transferidos em éguas receptoras noutros locais geográficos.
É ainda uma técnica útil para conservar embriões de éguas jovens, ainda por testar, podendo os mesmos ser transferidos apenas se a égua dadora provar ser de interesse desportivo ou outro.